Etwa zehn Kilometer von Jönköping Zentrum entfernt liegt der Jönköping Airport mit Linienverkehr, Charter- und Frachtflügen.
Die Stadt hat gute Zugverbindungen und Anschlüsse z. B. nach Stockholm und Kastrup-Kopenhagen.
Mehrere Busunternehmen betreiben umfangreichen Linienverkehr nach und/oder via Jönköping mit Inlandslinien und Reisezielen im Ausland.
In Jönköping stehen mehrere Tankstellen für Biogas-Treibstoff, mit dem auch einige kommunale Busse betankt werden. Das Biogas wird örtlich u.a. aus den Speiseabfällen der hiesigen Haushalte gewonnen.